Yamato sert de remplaçant à Kakashi en tant que leader de l'équipe 7, celui-ci étant dans un état d'épuisement physique suite à l'utilisation poussée de son sharingan contre Deidara.
Yamato a la particularité de savoir utiliser des jutsu de type mokuton (élément bois), alors que seul le premier hokage était connu pour disposer de telles techniques. On apprendra par la suite que Yamato est le fruit d'une expérience d'Orochimaru qui tentait de recréer les pouvoirs du premier hokage en mélangeant ses cellules à des nouveaux-nés. Yamato est le seul à avoir survécu (sur soixante enfants), à l'insu d'Orochimaru.
Yamato a aussi hérité de la capacité du premier hokage à contrôler les jinchūriki et les bijuus, bien qu'il ne puisse l'utiliser dans les mêmes conditions. Cette technique unique lui permettra de forcer Naruto Uzumaki à sortir de sa transformation en Kyûbi à quatre queues.



