Lorsque Naruto revient de son entrainement de 3 ans avec Jiraiya, Kakashi retrouve son équipe 7...sans Sasuke. Cependant, il reprend le commandement d'une équipe qui part en mission contre l'Akatsuki. Kakashi s'est aussi entrainé en 3 ans, et est devenue encore plus fort ! Poussant les limites de son Sharingan, il est désormais capable d'effrayer des Ninjas de l'Akatsuki. Cependant, ses efforts l'épuisent rapidement, et il est obligé de reprendre son rôle de professeur pour apprendre à Naruto à maitriser de nouvelles techniques. Sasuke ayant trouvé un remplaçant en la personne de Sai, Kakashi laisse son rôle de capitaine à Yamato pour diriger la nouvelle équipe 7.
